Месторождение Школьное относится к Дусканьинскому рудному узлу, объединяещему группу коренных и россыпных месторождений золота. В региональном плане месторождение располагается на юго-восточном фланге Яно-Колымского золотоносного пояса, в пределах Аян-Юряхской зоны золотого оруденения.

Основной рудоконтролирующей структурой в районе Дусканьинского рудного узла является Южная зона разломов, состоящая из серии субпараллельных взбросов, взбросо-сдвигов, амплитуда перемещений по которым не превышает 100м. Мощность зоны в пределах рудного поля варьирует от 0,5 до 1,5км, увеличиваясь к юго-востоку. Мощность отдельных швов, сложенных зонами дробления, достигает 40м. Падение их северо-восточное под углом 80⁰. Южная зона разломов контролирует размещение золоторудных месторождений и проявлений.

В региональном плане рудное поле Школьного месторождения приурочено к клиновидному тектоническому блоку, образованному сопряжением трёх крупных разрывных структур.
Центральным элементом структуры рудного поля является Бургагинский шток гранитоидов, вмещающий основные рудные тела месторождения. Площадь штока около 2,6 км², форма в плане овальная. Контакты штока с вмещающими породами неровные, крутые и падают под углами 70-90⁰ к центру. Шток имеет полифациальный состав и сложен диоритами, габбро-диоритами, тоналитами, гранодиоритами, биотитовыми гранитами. Абсолютный возраст гранитоидов штока 127-152 млн. лет.
Завершилась интрузивная деятельность внедрением большого количества даек основного, среднего и кислого состава, сконцентрированных в центральной и северной частях рудного поля. Простирание даек субширотное, мощность от десятков сантиметров до 10-20м; протяжённость от десятков метров до 2000м, углы падения крутые. Дайки имеют дорудный возраст, при пересечении рудными телами подвергнуты значительным гидротермальным изменениям, иногда вмещают рудные тела.

На площади рудного поля выделяются грейзенизированные и аргиллизированные породы и скарноиды :
Грейзены распространены ограниченно, преимущественно на флангах рудных тел и являются дорудными.
Аргилизированные породы сопровождают и вмещают рудные тела.
Скарноиды отмечаются на флангах месторождения в известковистых песчаниках и алевролитах, на глубоких горизонтах месторождения в диоритах.
Вмещающие шток породы ороговикованы на расстоянии 200-300м от контакта.

Рудовмещающие зоны дробления и тещиноватости метасоматически переработаны до серецит-гидрослюдисто-кварцевых метасоматитов и кварцитов, содержащих пирит и арсенопирит до 5%. Их мощность от 0,5 до первых метров, мощность изменённых пород до 20-100м.

Тектонически ослабленные зоны, выделяемые по линейным аномалиям значительной мощности (до 200-300м) понижением магнитного (до 200 нТл) и электрического полей (до 100-200 Ом*м) соответствуют разрывным нарушениям: Пограничному, Интрузивному, Южному разломам.

Рудное поле месторождения, в общем, фиксируется повышенными содержаниями в донных осадках золота и мышьяка. Геохимическое поле приуроченное к месторождению Школьное, характеризуется концентрически зональным строением. Его центральная часть, совпадающая со штоком гранитоидов, представлена комплексной аномалией золота, мышьяка, вольфрама и частично висмута. Фланговые области (экзоконтакт массива) представлены аномалиями халькофильных элементов.

Золоторудная минерализация приурочена к кварцевым жилам, залегающим в субширотных зонах дробления и повышенной трещиноватости пород, располагающихся диагонально по отношению к Южной зоне разломов.
Всего выделяется три таких зоны: Северная, Центральная и Южная. Протяжённость их от 800 до 2000м, мощность от 100-200 до 300-500м. Мощность отдельных тектонических структур, вмещающих рудные тела обычно 0.5-5м, падение их крутое к югу. Зоны сопровождаются линейными аномалиями низкого сопротивления, в пределах которых выделяются участки повышенной поляризуемости и сопротивления, связанные с зонами окварцевания и сульфидизации. Выявленное промышленное оруденение сосредоточено в Центральной зоне.

В пределах рудовмещающих зон рудные тела представлены кулисами. Обогащённые полезными компонентами части рудных тел отмечаются в местах пологого залегания кулис, в местах их сочленения с крутопадающими широтными разрывами.

Рудные тела месторождения представлены преимущественно кварцевыми жилами и зонами прожилкования. Повышенные, иногда до промышленных, содержания золота отмечаются во вмещающих жилы серицит-гидрослюдисто-кварцевых метасоматитах с тонким кварцевым прожилкованием, и в минерализованных зонах дробления с обломками жил. Протяженность жил 20-200м, мощность 0,1-0,5м. Жилы массивные, сложены мелко- среднекристалическим кварцем.

Объём рудных минералов в составе жил обычно не превышает 1-3%, количество их около 60. Основными рудными минералами являются: золото, сложный комплекс сульфосолей (преобладает фрейбергит), пирит и арсенопирит.

В первичных ореолах рудные тела характеризуются аномальными содержаниями золота (до 5 г/т), серебра (до 5 г/т), мышьяка (более 1%), вольфрама и сурьмы (более 30 г/т). Содержание вольфрама с глубиной возрастает.

Характер распределения золотой минерализации крайне неравномерный, имеются рудные столбы, бонанцы, гнёзда. Золото-серебрянное отношение 1:1 (в целом по месторождению), повышается в рудных столбах. Основная часть металла (75%) заключена в кварцевых жилах, при среднем содержании около 50 г/т. Оставшиеся 25% запасов золота сосредоточены в метасоматитах экзоконтактов жил, при содержаниях 7-100 г/т. Коэффициент вариации содержаний золота по разведочным сечениям для отдельных рудных тел достигает более 300% , продуктивностей более 400%. В гнездах богатых руд (при борте 5,5 г/т) в ограниченном объёме руды (10-19% объёма рудных тел) сосредоточено подавляющее количество металла (50-85% запасов рудных тел). Форма гнёзд близка к изометричной. Размеры их достигают 46м, в среднем изменяются от 3 до 13м, и уменьшаются с глубиной. Расстояние между гнёздами достигает 35м, в среднем составляет 8-10м.

В основу геолого-генетической модели месторождения положено представление об единстве рудно-магматического очага для гранитоидного штока и месторождения, располагающихся в пространстве над его центральной частью.